Talvez a idéia seja diminuir a troca de calor entre a camisa e o cabeçote e aumentar o resfriamento, deixando um contato menor entre eles. Quando a termostática está aberta, a água que vai da camisa para o cabeçote provavelmente forma um movimento circular do lado deste furo, sendo arrastada pelo jato de água que sai sob pressão, e ajuda no resfriamento.
Claro que isso pode não significar muita coisa, e o tamanho da abertura pode ser só uma herança histórica do desenvolvimento - talvez o furo da camisa fosse do mesmo tamanho que o do cabeçote, mas acabou sendo reduzido para promover esse efeito de "jato", gerando turbulência e forçando o resfriamento em determinados pontos quentes do cabeçote (como na rota de saída dos gases).
Se há necessidade de tampar estes furos, acredito que deve ser feito com cauleta - para que não exista possibilidade de algo se soltar e entupir o sistema. Se não há necessidade, eu diria para deixar assim mesmo.
Leonardo